Krajina ve Zlínském kraji je převážně hornatá. Západní část vyplňují nevysoké lesnaté Chřiby. Při řece Moravě sem zasahuje Dolnomoravský úval a jižní část Hornomoravského úvalu. Na východě území stoupají vrcholky Bílých Karpat, které směrem k severu přecházejí v Javorníky a Moravskoslezské Beskydy.

Bílé Karpaty

Pohoří Bílé Karpaty leží na pomezí České republiky a Slovenska. Z nejvyššího vrcholu, Velké Javořiny (970 metrů nad mořem) se naskýtá nádherný pohled do moravského podhůří – Horňácka. V Bílých Karpatech najdeme rozlehlé louky s roztroušenými stromy obklopené horskými bukovými lesy. Rozkvétají tu evropské orchideje, sněženky a lilie. Je to území s nejvyšší pestrostí a početností zastoupení orchidejí ve střední Evropě. Mezinárodní kvality tohoto území ocenilo také UNESCO, které je zařadilo na seznam biosférických rezervací. K nejznámějším lokalitám patří komplex květnatých luk Čertoryje a bukový prales Javořina.

Hostýnské vrchy

Pohoří Hostýnské vrchy s mírně zvlněnými hřebeny patří k velmi oblíbeným rekreačním oblastem. V místních lesích se skrývá řada technických památek – vodní nádržky na splavování dřeva či milíře na výrobu uhlí. Hostýnské vrchy se rozkládají mezi Valašským Meziříčím, Zlínem a Vsetínem. Turisty přitahují svými hlubokými smíšenými lesy místy protkanými pastvinami, občasnými skálami a hlavně významným poutním místem – Svatým Hostýnem. Podle tohoto poutního místa je pohoří pojmenováno. Nejvyšším vrcholem je Kelčský Javorník s nadmořskou výškou 865 metrů.

Chřiby

Horské pásmo Chřibů zabírá plošně nevelkou oblast střední Moravy a odděluje severní rovinatou Hanou od jižních rovin Moravského Slovácka. Nejvyšších výšek dosahují vrcholy Brdo (586 metrů), Ocásek (553 metrů) a Hrad (551 metrů). Pískovcové svahy této vrchoviny jsou porostlé listnatými lesy. Nejvíce se tu objevují duby, buky, lípy, olše a javory. Severní částí tohoto pohoří protéká řeka Morava a na jeho svazích pramení množství drobných potoků a říček, které se do Moravy vlévají.

Javorníky

Pohoří Javorníky leží na území České republiky pouze menší částí, větší část Javorníků leží na Slovensku. Nejvyšším bodem Javorníků ležících na Moravě je Malý Javorník s nadmořskou výškou 1019 metrů. Javorníky mají členité svahy hustě pokryté lesy. Jsou prameništěm mnoha řek a potoků (Vranča, Senice). Území tohoto pohoří pokrývá řada menších přírodních rezervací, které chrání vzácná rostlinná společenstva. Celé Javorníky jsou součástí Chráněné krajinné oblasti Beskydy.