Největší řekou Zlínského kraje je Morava. K jejím přítokům patří Bečva, Olšava a Dřevnice.

Bečva

Bečva odvádí vody z jižní části Moravskoslezských Beskyd. Má dva prameny – Rožnovská Bečva je dlouhá 36 kilometrů a Vsetínská Bečva má délku toku 59 kilometrů. U Valašského Meziříčí se stékají v jedinou řeku. Nejvýznamnějším městem na Bečvě je Přerov. Z dalších měst jmenujme Lipník nad Bečvou a Hranice. Ve středu Hané se Bečva vlévá do Moravy. V předminulém století používali Bečvu plťaři k plavení dříví. Ve Valašském Meziříčí sestavili voraři z klád vor, čili plť, a plavili se k Přerovu, někdy i dále. Říká se, že dřevo dodávali až do Vídně.

Dřevnice

Řeka Dřevnice pramení na jihu Hostýnských vrchů a vodu z nich sama a pomocí četných přítoků odvádí do řeky Moravy. V údolí této řeky leží velká města Zlín a Otrokovice. V těchto městech způsobovala řeka časté záplavy, proto se přistoupilo k úpravě jejího koryta. Na jejím toku byl vybudován jez s rybím přechodem a hráze na obou březích. Podél toku řeky vedou trasy pro turisty i cykloturisty. Dřevnice se v Otrokovicích vlévá do řeky Moravy.

Morava – Baťův kanál

Víceúčelové vodní dílo nechal ve 30. letech 20. století vybudovat podnikatel Tomáš Baťa na řece Moravě mezi městy Uherský Ostroh a Otrokovice. Jeho základem je 60 kilometrů dlouhý plavební kanál s množstvím zdrží, jezů a plavebních komor. Na něj navazuje systém závlahových kanálů. Na svou dobu technicky dokonalé vodní dílo sloužilo kromě přepravy nákladu i k zavlažování okolních luk a k regulaci kolísavého průtoku řeky Moravy. Plavební cesta byla vhodná pro lodě o výtlaku do 150 tun. Kanál fungoval do roku 1962. Dnes slouží k rekreaci.

Olšava

Řeka Olšava pramení v Bílých Karpatech. Po 46 kilometrech svého toku se vlévá u Kostelan do řeky Moravy. Většina jejího toku byla v minulosti necitlivě regulována. Z přirozeného toku zůstaly jen zbytky. Jeden z posledních zbytků neregulovaného toku mezi obcemi Podolí a Míkovice byl vyhlášen přírodní památkou. Na březích roste vrba bílá, topol černý, trnovník akát, bez černý a popínavá dřevitá liána plamének plotní. Podmínky ke hnízdění tu nachází ledňáček říční, strakapoud malý, slavík obecný, moudivláček lužní, rákosník zpěvný, rehek zahradní, žluna zelená či žluva hajní.