Největší část území Plzeňského kraje patří do povodí řeky Berounky. Ta vzniká soutokem Mže, Radbuzy, Úhlavy a Úslavy. Jihem Plzeňského kraje protéká Otava. Na Šumavě se nalézá několik jezer, která jsou pozůstatkem činnosti ledovce. Dvě nejznámější jsou Černé jezero a Čertovo jezero.

Berounka

Řeka Berounka vzniká na severním okraji Plzně spojením čtyř řek odvodňujících Plzeňskou pahorkatinu – Mže, Radbuzy, Úhlavy a Úslavy, přičemž za bod, od něhož řeka nese jméno Berounka, je označován soutok Mže a Radbuzy. Od Plzně teče Berounka zprvu na severovýchod, poté se stáčí k jihovýchodu, aby se zanedlouho vrátila do původního směru. Vlévá se do Vltavy jako její nejvodnatější přítok. Řeka zprvu teče širokým údolím plzeňské kotliny, ale již nedaleko od západočeské metropole se zařezává do romantického hlubokého zalesněného údolí s četnými strmými skalními ostrohy a malebnými loukami. Po celé délce toku (139 kilometrů) je Berounka klidnou pomalou řekou s dlouhými úseky bez proudu.

Černé jezero

Černé jezero je největší jezero na Šumavě a zároveň i v České republice. Leží na Šumavě v nadmořské výšce 1008 metrů. Jeho hloubka je až 40 metrů. V době ledové ho vyhloubil ledovec. Nachází se nedaleko od Železné Rudy pod severním svahem Jezerní hory, která se nad jezerem zvedá 320 metrů vysokou Jezerní stěnou. Černá barva jezera je způsobena odrazem tmavých lesů, které ho obklopují. Dno jezera tvoří skála s bahnem tvořeným z pylu okolních stromů, ukládající se zde po tisíce let. Voda z jezera odtéká Černým potokem do Úhlavy. Nedaleko Černého jezera se nachází menší Čertovo jezero. Obě tato ledovcová jezera jsou součástí přírodní rezervace.

Mže

Na 106 kilometrů dlouhé cestě od pramene v Německu musí řeka Mže překonat hladinu vodní nádrže Hracholusky. Ta má zemí sypanou hráz vysokou 34 metrů a dlouhou 270 metrů. Dnes je přehradní jezero vyhledávanou rekreační oblastí. Opakem Hracholuské vodní nádrže je veřejnosti nepřístupná vodní nádrž Lučina – zásobárna pitné vody pro Tachov. Byla postavena v roce 1974 a má 21 metrů vysokou a 173 metrů dlouhou kamennou hráz. Ve Stříbře překračuje řeku Mži most z roku 1560 s mostní branou. Je to jeden z nejstarších mostů u nás. Od Stříbra je řeka zaříznuta hluboko do krajiny. Souběžně s ní vede železniční trať Plzeň – Cheb. Jedná se o nejkrásnější místo této řeky. Soutokem Mže a Radbuzy v Plzni vzniká třetí řeka – Berounka.

Radbuza

Radbuza pramení v pohoří Český les na Domažlicku západně od Poběžovic pod vrchem Lysá. Je to jediná řeka, která protéká napříč Plzní. Je dlouhá 111 kilometrů. Protéká Bělou nad Radbuzou, Horšovským Týnem, Staňkovem, Stodem a Dobřany. Ještě v Plzni je na ní přehrada České údolí. Ta má sypanou hráz dlouhou 106 metrů a vysokou 13 metrů. Jméno Radbuza je odvozeno od osobního jména Radbud, takže Radbuza je vlastně Radbudova řeka. Teče poklidně plochým údolím. Končí soutokem se Mží, od něhož vzniká Berounka.

Úhlava

Úhlava je řeka, která zásobuje Plzeň pitnou vodou. Budeme–li postupovat od Plzně proti jejímu proudu, čeká nás cesta do středu pohoří Šumava dlouhá 102 kilometrů. Těsně pod zdejším pramenem na svahu Pancíře najdeme vodní nádrž Nýrsko s kamennou, 36 metrů vysokou a 337 metrů dlouhou hrází. Cestou podél toku nemůžeme přehlédnout vodní tvrz Švihov. Úhlava tvořila její obranný příkop a v dobách nebezpečí zaplavila celou kotlinu kolem hradu a vytvořila prý jezero o průměru několika kilometrů. Ústí do Radbuzy na jižním okraji Plzně.

Úslava

Řeka Úslava je dlouhá 92 kilometrů a ze všech řek, které se v Plzni slévají, má nejméně vody. Pramení na Plánické vrchovině na jihovýchodním úpatí hory Drkolná. Její původní jméno bylo Bradlava. Dnešní název vznikl nesprávným čtením jména Úhlava – při tisku knihy v roce 1712 četl sazeč místo H písmeno S a vytiskl tak Úslava. Řeka hlavně na dolním toku výrazně meandruje. K významným přítokům patří Podhrázský potok, Tůně, Muchovka, Bradava a Komatický potok. Tok Úslavy končí v Plzni ústím do Berounky.