Na Vysočině najdeme některá chráněná území. Jsou to především Žďárské vrchy a Mohelenská hadcová step.

Mohelenská hadcová step

Mohelenská hadcová step je přírodní rezervace, která se nachází v sousedství obce Mohelno. Až 120 metrů vysoké svahy na pravém břehu řeky Jihlavy jsou skloněné k jihu. To způsobuje vyšší teplotu tohoto území. Navíc se tu nachází tmavá hornina hadec, která ovlivňuje druh zde rostoucích rostlin. Například kapradina podmrvka jižní roste na našem území jen zde. Díky zde rostoucím rostlinám tu žije pestré společenství bezobratlých živočichů. Například pavouků zde bylo nalezeno 285 druhů. A to vše rámuje panoráma chladicích věží a komplexu Dukovanské jaderné elektrárny.

Žákova hora

Výjimečně zachovalá část pralesních společenstev je chráněna na svazích Žákovy hory ve Žďárských vrchách. Žije tu řada organismů, které již z okolních smrkových porostů vymizely. Nadmořská výška Žákovy hory je 810 metrů. Jméno vrchu je odvozeno od pověsti o žácích ze Žďárského kláštera, kteří tu zabloudili a už se nevrátili. Bylo tu také hledáno stříbro, ale nalezeno nebylo. Podle lidových bájí zde žili hejkalové, ohniví muži a bludičky. Na vrcholu se nachází geodetický bod pro měření nadmořských výšek. Jeden kilometr od vrcholu je Stříbrná studánka, jeden z pramenů řeky Svratky.