Jižní Čechy jsou oblastí s tradičním rybníkářstvím. Chová se zde mnoho druhů ryb, které vhodně doplňují a obohacují nabídku potravin u nás a částečně se i vyvážejí. U některých rybníků jsou velkochovy kachen a další drůbeže. Na polích se pěstují nenáročné obiloviny, olejniny a brambory. Živočišná výroba je orientovaná na chov skotu, produkci mléka a prasat. Více než třetinu plochy kraje zaujímají lesy. Ty jsou významným přírodním bohatstvím, které využívá dřevozpracující průmysl, například na výrobu nábytku či proslulých tužek Koh–i–noor. Na nerostné suroviny není Jihočeský kraj příliš bohatý. Převládá těžba štěrkopísků, stavebního kamene, cihlářské hlíny a keramických jílů. Vzhledem k nalezištím křemenného písku zde vznikly také sklárny. Průmyslová výroba je soustředěna především v okolí Českých Budějovic, Tábora a Strakonic. Převažuje zpracovatelský průmysl – výroba potravin a nápojů. Proslulé je pivo Budvar. Nedaleko Českých Budějovic se nachází jaderná elektrárna Temelín.

Jihočeský kraj se stal významnou turistickou a rekreační oblastí. Krajem procházejí důležité mezinárodní silnice do Rakouska a severojižní železniční koridor z Prahy do Rakouska. Důležitá železnice vede také z Českých Budějovic do Plzně.