V Jihočeském kraji nás překvapí zachovalá příroda v Boubínském pralese. Část pohoří Šumava je součástí národního parku. Na území kraje jsou chráněné krajinné oblasti Blanský les a Třeboňsko.

Blanský les

Chráněná krajinná oblast Blanský les se prostírá na Českokrumlovsku, menší část na severu a západě leží na Českobudějovicku a na Prachaticku. Jedná se o pozoruhodně zachovalý krajinný celek v podhůří Šumavy s četnými cennými lokalitami. Nejnavštěvovanějším místem této lokality je nejvyšší vrchol – Kleť s nejstarší kamennou rozhlednou v Čechách. Na jižní straně Blanského lesa se rozkládá národní přírodní rezervace Vyšenské kopce nazývaná zahrada jižních Čech.

Boubínský prales

Boubínský prales se prostírá na jihovýchodním úpatí hory Boubín (1362 metrů nad mořem). Jedná se o přírodní rezervaci. Boubínský prales je tvořený hlavně buky, smrky a jedlemi. Je to nejzachovalejší zbytek původních smíšených šumavských horských lesů – pomezního hvozdu. Nejstarší exempláře jsou staré 300 až 400 let. Nejznámější „Král smrků“ byl vysoký 57 metrů a ve výšce 130 centimetrů od země měl obvod 508 centimetrů. Pozoruhodné jsou různé deformace stromů i chůdové kořeny. V nadmořské výšce 925 metrů bylo v minulosti vybudováno jezírko „U pralesa“, nádrž pro umožnění plavby dřeva do sklárny v Lenoře.

Česká Kanada

Česká Kanada je území ležící na pomezí historických zemí Čech a Moravy zhruba mezi městy Nová Bystřice a Jindřichův Hradec. Nejvyšším vrcholem je Vysoký kámen s nadmořskou výškou 738 metrů. Po celé České Kanadě jsou rozesety skalní a kamenné útvary. Poměrně hojné jsou zde i rybníky (Kačležský, Krvavý, Osika, Blanko…). Centrem České Kanady je odnepaměti románská zřícenina hradu Landštejn. Je to kraj hlubokých lesů s drsným podnebím, divokou přírodou, vysokými vrchy, velkými rybníky a žulovými útvary bizarních tvarů. Jedná se o velmi řídce osídlené území.

Třeboňsko

Chráněná krajinná oblast Třeboňsko se rozkládá na Jindřichohradecku. Jedná se o příklad ochrany kulturní krajiny výrazně pozměněné člověkem, která má přesto významnou ochranářskou hodnotu. Třeboňsko je také ptačí oblastí a významným ptačím územím. Přirozeným centrem chráněné krajinné oblasti je Třeboň. Předmětem ochrany jsou rybníky – umělé mokřady vytvořené především v 15. století, spolu s důsledným systémem stok (nejvýznamnější je 47 kilometrů dlouhá Zlatá stoka). Dále chráníme rašeliniště, nivu meandrující řeky Lužnice, a pískovny – hlubší nádrže vzniklé po těžbě štěrkopísků.