Území Jihomoravského kraje patří do povodí řeky Moravy. Jejím nejdůležitějším přítokem je pohraniční řeka Dyje. Na jižní Moravě se nacházejí velké rybníky a vodní nádrže zabraňující záplavám. Největší vodní nádrž Nové Mlýny byla vybudována na řece Dyji poblíž Mikulova. Na Dyji u Znojma je nádrž Vranov.

Dyje

Přes 300 kilometrů dlouhý tok řeky Dyje končí u soutoku s řekou Moravou. V údolí Dyje, podél hranice s Rakouskem, se nachází Národní park Podyjí. Díky řídkému osídlení zde nalezneme výjimečně nedotčenou přírodu. Zákruty říčního koryta jsou obklopeny strmými skalnatými srázy s věžovitými útvary, balvanovými sutěmi a kamennými moři. Pod Břeclaví Dyje napájí soustavu rybníků Lednicko–valtického areálu, který je od roku 1996 pod ochranou UNESCO jako místo světového kulturního dědictví. Tady se také rozkládá největší moravský rybník Nesyt s plochou 302 hektarů. O tom, jak dostala Dyje své jméno, si můžete přečíst v pověsti.

Morava

Na soutoku Dyje s Moravou na hranicích našeho státu řeka Morava ještě nezaniká. Zde jen opouští území České republiky. Pokračuje ještě dalších 69 kilometrů, až k Bratislavě, kde se pod majestátní zříceninou Děvína vlévá do Dunaje. Zde má Morava za sebou 353 kilometrů cesty, při které klesla z 1380 metrů nad mořem na pouhých 136 metrů nad mořem. Nejdůležitější moravská řeka protéká územím Moravy od severu na jih. Na území Jihomoravského kraje přitéká u Veselí nad Moravou. Podél jejího toku se prostírá Dolnomoravský úval.

Morava a Dyje – jejich soutok

Soutok Moravy a Dyje představuje nejjižnější, nejteplejší a téměř nejníže položené místo u nás. Stýkají se tu hranice tří států – České republiky, Slovenska a Rakouska. Tyto dvě největší moravské řeky vytvářejí u svého soutoku devět kilometrů širokou údolní nivu s řadou mrtvých ramen, kterou pokrývá souvislý porost starého lužního lesa. Jedná se o jeden z nejrozsáhlejších lužních lesů v Evropě. Soutok Moravy s Dyjí je druhým nejnižším místem v České republice. Jeho nadmořská výška je 148 metrů.

Novomlýnské nádrže

Jezero Novomlýnské vodní nádrže se zdá nekonečné. Mušovská hráz o délce 2484 metrů zadržuje vodu na ploše 528 hektarů, za Věstonickou hrází o délce 1365 metrů nalezneme vodní plochu o rozloze 1031 hektarů a nejníže položená Novomlýnská hráz o délce 2812 metrů zahrazuje vodní nádrž o ploše 1668 hektarů. Dohromady to činí 3227 hektarů, což je největší vodní plocha na Moravě. Nádrže byly budovány postupně od roku 1975 po 13 let na soutoku Dyje se Svratkou a Jihlavou. Na horní nádrži byly zřízeny dvě laguny a rekreační středisko, které je vyhledávaným místem odpočinku. Můžeme si odtud užívat krásného výhledu na Pavlovské vrchy.

Punkva

Punkva je naše nejtajemnější řeka. Její jméno je odvozeno od starobylého slova ponikev, což znamená místo, kde se ztrácí voda do země, kde poniká, tedy vniká pod zem. Punkva pramení pod vrcholem Skály v Drahanské vrchovině, ve výšce asi 700 metrů nad mořem. Část jejího toku teče podzemím ve vápencích Moravského krasu. V oblasti Amatérské jeskyně není její tok ještě příliš prozkoumán. Z Macochy říčka protéká vodními dómy Punkevních jeskyní, kde v rámci prohlídky probíhá plavba podzemím na člunech. Poté, co Punkva opouští jeskyně, protéká hlubokým Punkevním údolím. Kousek pod Blanskem se vlévá do řeky Svitavy.

Svratka

Jméno řeky Svratky vzniklo od germánského slova Swarta – černá voda. Pramení na Českomoravské vrchovině. V Brně se stéká se Svitavou. Zde na ní nalezneme „brněnské moře“ – Brněnskou přehradu. Její hráz vysoká 34 metrů a dlouhá 120 metrů byla dokončena v roce 1940. Původně sloužila jako zásobárna vody pro Brno, nyní se jí využívá k rekreaci a jako zdroj pro výrobu elektrické energie. Svratka končí svůj tok ve střední části Novomlýnských nádrží, kde se vlévá do Dyje.

Vodní nádrž Vranov

Vranovská přehrada byla vybudována na řece Dyji v blízkosti města Vranov nad Dyjí ve třicátých letech 20. století. Hráz přehrady je vysoká 60 metrů a v koruně je dlouhá 292 metrů. Vzniklé jezero je dlouhé asi 30 kilometrů a zasahuje až pod hrad Bítov. Přehradní nádrž slouží vedle výroby energie k zadržování povodní a k rekreaci. Rekreační střediska jsou převážně v okolí Vranova nad Dyjí, Bítova a Podhradí nad Dyjí. Na nádrži byla obnovena lodní přeprava.