Velkou část Jihočeského kraje zaujímá Středočeská pahorkatina a dvě pánve – Českobudějovická a Třeboňská. Na jihozápadě se táhne pohoří Šumava, na jihu se rozpínají Novohradské hory a od severovýchodu sem zasahuje Českomoravská vrchovina.

Českobudějovická pánev

Českobudějovická pánev se rozprostírá v prostoru od Českých Budějovic směrem na severozápad k Písku a Strakonicím. Její průměrná nadmořská výška se pohybuje okolo 400 – 450 metrů. Na východě je ohraničena částečně tokem Vltavy k Týnu nad Vltavou. Sousedí zde s Třeboňskou pánví a hranici mezi těmito pánvemi tvoří vyvýšenina známá jako Lišovský práh. Českobudějovická pánev je vyplněna celou řadou rybníků, které byly vybudovány na přítocích Vltavy a Blanice, jež tuto oblast odvodňují. Mezi nejznámější rybníky patří Bezdrev, Dehtář, Volešek nebo Munický rybník nedaleko Hluboké nad Vltavou.

Novohradské hory

Novohradské hory se rozprostírají při státní hranici České republiky s Rakouskem. Jejich nejvyšší vrcholy dosahují nadmořské výšky okolo 1000 metrů. Jsou krajem hlubokých lesů s nejstaršími pralesovitými rezervacemi – Žofínským a Hojnovodským pralesem. Malebnou působivost krajiny dokreslují malé údolní nádrže budované v souvislosti s plavením dřeva. Nejvyšší vrchol je Kamenec s nadmořskou výškou 1072 metrů. Pod jeho východním svahem se rozkládá rozlehlé rašeliniště Pohořské slatě.

Třeboňská pánev

Třeboňská pánev je rozsáhlá sníženina v okolí Třeboně. Nachází se převážně v povodí Lužnice. Jejím nejvyšším bodem je Baba s nadmořskou výškou 583 metrů. Střední část pánve je zahrnuta do Chráněné krajinné oblasti Třeboňsko. Vlivem malého spádu řek, nedostatečného odvodňování a špatně propustného podloží zde vznikla rozsáhlá rašeliniště (například Borkovická blata) a nejvýznamnější česká rybníkářská oblast. K nejvýznamnějším rybníkům patří Svět u Třeboně, největší český rybník Rožmberk, Horusický rybník, Dvořiště, Velký Tisý či Staňkovský rybník. Kromě Lužnice odvodňuje Třeboňskou pánev ještě řeka Nežárka, která se do Lužnice vlévá ve Veselí nad Lužnicí.