V Jihočeském kraji pramení řeka Vltava. Ze svých největších přítoků přibírá na území kraje Malši, Otavu a Lužnici s Nežárkou. Na horním toku Vltavy byla postavena přehradní nádrž Lipno a na středním toku Orlík. Jižní Čechy jsou krajem rybníků. Nejznámějším je rybník Rožmberk v Třeboňské pánvi.

Blanice

Kousek od Putimi končí ve vodách Otavy svou 95 kilometrů dlouhou pouť řeka Blanice. Pramení na severním svahu Knížecího Stolce ve výšce 960 metrů nad mořem asi 15 kilometrů jihozápadně od Volar. Na horním toku řeka protéká kopcovitou krajinou s četnými hluboko zaříznutými kaňonovitými údolími. U Husince byl tok řeky přehrazen hrází Husinecké přehrady, za níž vzniklo jezero sloužící jako zásobárna pitné vody pro Prachatice. Na středním toku se údolí Blanice rozevírá a stává se mělčím. Dolní tok plyne již zcela otevřenou krajinou až k soutoku s Otavou. Významnými místy na jejím dolním toku jsou města Vodňany a Protivín. V minulosti byla Blanice využívána k plavení polenového dřeva z oblastí rozsáhlých lesů na Volarsku. Na řece se rýžovalo zlato a lovily se zde perlorodky říční.

Lužnice

Lužnice pramení na rakouské straně Novohradských hor, na západním svahu hory Aichelberg v nadmořské výšce 970 metrů. Nedaleko od pramene vtéká na české území, asi tři kilometry tvoří státní hranici a vrací se zpět do Rakouska. Do Čech se vrací u Českých Velenic, odkud už míří do široké Třeboňské pánve. Protéká takovými středověkými městy, jako jsou Tábor nebo Bechyně. Od dob Jakuba Krčína z Jelčan dodává vodu většině největších rybníků, například Rožmberku či rybníku Svět. Je na ní vybudována Zlatá stoka a Nová řeka. Lužnice po 208 kilometrech zaniká kousek pod Týnem nad Vltavou v řece Vltavě.

Malše

Malše pramení na rakouské straně Novohradských hor na svazích hory Virehberg. V Rakousku protéká lesnatými údolími a v úseku asi 22 kilometrů tvoří česko–rakouskou státní hranici. U Dolního Dvořiště definitivně vstupuje na naše území. Protéká Kaplici, Římov, Doudleby a v centru Českých Budějovic ústí do Vltavy. Nad Římovem byla na Malši vybudována vodní nádrž, která slouží jako zdroj pitné vody. Malše má délku celkem 96 kilometrů, z toho je necelých 90 kilometrů v České republice. Je to velmi romantická řeka vyhledávaná vodáky.

Nežárka

Řeka Nežárka je největším přítokem řeky Lužnice, do níž se vlévá zprava ve Veselí nad Lužnicí. Vzniká spojením říček Kamenice a Žirovnice severovýchodně od Jindřichova Hradce. Krátce za soutokem obou pramenných větví protéká Nežárka městem Jindřichův Hradec a pokračuje jihozápadním směrem otevřeným údolím ke Stráži nad Nežárkou. Zde se její tok zvolna stáčí k severozápadu. Poblíž Jemčiny přibírá zleva Novou řeku, kanál vybudovaný k regulaci průtoku Lužnice rybniční oblastí na Třeboňsku. Od Stráže nad Nežárkou pokračuje řeka k Veselí nad Lužnicí, kde končí svůj tok ústím do Lužnice. Nežárka je typická nížinná řeka s pomalým proudem, zadržovaným na svém toku četnými jezy. Vyniká velkou čistotou vody, a proto je velmi často vyhledávána k rekreaci a koupání. Od pramene až k soutoku s Lužnicí měří její tok 56 kilometrů.

Otava

Jméno Otava je odvozeno od germánského Vatahva čili rychlá voda. Pramení na Šumavě na česko–německé hranici, v nadmořské výšce 1133 metrů. Otava se tu jmenuje Luzný potok. Putovat po jejím 134 kilometrů dlouhém toku je jako procházet se muzeem. Ještě v Plzeňském kraji před Sušicí stojí zřícenina jednoho z našich největších hradů – Rabí, kde přišel Jan Žižka o druhé oko. Nedaleko Horažďovic je zřícenina hradu Prácheň, který dal jméno celému regionu – Prácheňsko. Kousek nad soutokem s Blanicí je Sudoměř – místo slavné husitské bitvy. Otava bývala vyhlášenou zlatonosnou a perlorodou řekou. O rýžování zlata dodnes svědčí sejpy, až tři metry vysoké muldy v těsném okolí řeky. A ještě v roce 1818 bylo pod hradem Prácheň za přítomnosti císaře Františka nalezeno padesát perel.

Rožmberk

Jižní Čechy jsou spojeny hlavně s představou krajiny rybníků. Především velké rybníky (Svět, Hejtman, Komorník, Bezdrev) jsou vyhledávány pro rekreační účely. Vznik prvních rybníků na Třeboňsku lze spojit s obdobím vlády Karla IV., ovšem většina byla vybudována až v 16. století. Unikátním dílem českého rybníkářství je rožmberská rybniční soustava tvořená Zlatou stokou a rybníky Rožmberk a Svět. Soustavu během 16. století vytvořili známí rybníkáři Štěpánek Netolický a Jakub Krčín z Jelčan. V rybnících se již od středověku chová kapr. Rožmberk je největší rybník v celé střední Evropě. Nachází se přibližně 6 kilometrů severně od Třeboně. Jeho stavbu v 16. století provádělo 800 lidí. Hráz má dlouhou 2430 metrů a vodní plochu 489 hektarů. Do Rožmberka vtéká Lužnice, a aby prudký proud řeky rybník nepoškodil, byla vybudována Nová řeka, která odvádí vody Lužnice do Nežárky.

Vltava

Vltava je nejdelší a nejvodnatější česká řeka. Jméno nese tok až od soutoku Teplé a Studené Vltavy v přírodní rezervaci Mrtvý luh na Šumavě. Teplá Vltava vyvěrá jako malý pramínek na Šumavě pod Černou horou ve výšce 1172 metrů nad mořem. Studená Vltava pramení v Německu pod názvem Altwasser. Od soutoku obou pramenných toků teče Vltava směrem na východ a u Nové Pece se její tok rozlévá do širokého a dlouhého přehradního jezera, které vzniklo přehrazením jejího toku u obce Lipno nad Vltavou. Za Vyšším Brodem protéká Vltava otevřenější krajinou a stáčí svůj tok k severu. Četnými zákruty protéká krajinou s řadou památek. Její tok směřuje k hradu Rožmberk a skalnatým údolím vstupuje do Českého Krumlova. Tok Vltavy odtud protéká kolem kláštera Zlatá Koruna, míjí bývalé keltské oppidum Třísov a obtéká skalnatý ostroh se zříceninou hradu Dívčí kámen. Pak již pokračuje rovinatou Českobudějovickou pánví k Českým Budějovicím. Zde přibírá zprava vody řeky Malše. Za městem pokračuje tok Vltavy sevřeným údolím kolem Hluboké nad Vltavou se zámkem. Přibírá zprava vody řeky Lužnice. Až k Týnu nad Vltavou však již zasahuje vzdutá hladina dalšího stupně Vltavské kaskády, Orlické přehrady. Přehradní jezero pohltilo i soutok Vltavy s Otavou u hradu Zvíkova.

Vodní nádrž Lipno

Lipenskou přehradu najdeme na řece Vltavě v podhůří Šumavy. Jde o rozlohou největší přehradní nádrž a vůbec o největší vodní plochu na území České republiky. Hráz přehrady se nachází v obci Lipno nad Vltavou. Má délku 282 metrů a výšku 25 metrů. Vodní nádrž je významnou lokalitou pro rekreační pobyt u vody a vodní sporty a sportovní rybolov. Dále jde o zásobárnu vody a zdroj elektrické energie (součástí přehrady je vodní elektrárna zasunutá v hloubce 171 metrů v uměle vytvořené jeskyni). Přehrada se využívá i v případě velkých povodní k zadržení vody. Většina Lipenské nádrže leží v Chráněné krajinné oblasti Šumava.

Vodní nádrž Orlík

Vodní nádrž Orlík je součástí Vltavské kaskády v jižních a středních Čechách. Přehradila tok řeky Vltavy na Příbramsku. Nese jméno zámku Orlík, který kdysi vystupoval na skále nad hlubokým údolím Vltavy a dnes se nachází jen pár metrů nad hladinou přehradního jezera. Orlická přehrada je na Vltavě nejmohutnější s betonovou hrází 450 metrů dlouhou a 91 metrů vysokou. Největší hloubka nádrže je 74 metrů. V levé části řeky u paty betonové hráze je umístěna vodní elektrárna se čtyřmi Kaplanovými turbínami. Na přehradním jezeře je zejména v letních měsících provozována lodní doprava, která spojuje turisticky zajímavá místa umístěná téměř po celé délce jezera. Hlavní silnice z Tábora směrem na Písek a Plzeň překonávají jezero přes Podolský a Žďákovský most.